根据机构职责，福清市城市管理和综合执法局内设5个机构，分别是：

　　（一）办公室。综合协调局机关和直属单位工作，督促重大事项的落实；负责综合性文稿的起草、重要会务的组织协调；负责人大代表建议议案、政协提案办理；组织开展城市管理和综合执法专题调研工作；负责城市管理和综合执法的宣传工作，收集城市管理和综合执法舆情，发布新闻信息；负责局机关及直属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、职称评定、出国出境等工作；负责人才队伍建设和离退休干部工作；编制部门财政预决算并组织实施；负责局机关财务和政府采购工作；监督指导直属单位的财务和资产管理等有关工作；负责局机关文电、机要、档案、保密、督查、政务公开等日常工作；负责群众来信来访的接待、处理工作；负责局机关财产物资管理、安全保卫及后勤保障等行政事务。

　　（二）法制监督科。拟定并监督实施综合行政执法相关的工作制度；负责协调市直有关部门综合行政执法工作；承办本局行政处罚听证、行政诉讼和行政复议，指导其他有关综合执法的行政处罚听证、行政复议和行政诉讼工作；组织实施城市管理和综合执法有关法律法规的业务培训工作；制定并组织实施综合行政执法文书规范标准；承担直属行政执法队伍装备的计划配置、发放工作；负责开展联合执法工作，指导镇（街）综合行政执法工作；负责基层各执法队伍的规范化建设；负责基层执法中队履行职责、行使职权和遵守纪律情况的督查，对执法中队违反文明执勤、依法行政和队风队纪的行为进行纠察。

　　（三）市容监管科。负责本部门行政审批制度改革工作；组织拟订行政审批工作依据、办理程序、业务流程、审核标准和规则；按照规定权限，负责本部门进驻市行政服务中心行政许可及其它办事项目的统一受理、办理和反馈工作；综合协调局有关科室和直属单位规范开展行政审批的相关延续工作；制定并组织实施全市市容管理规划、计划、工作制度和规程；负责协调市容工作并组织监督考评；负责全市自行车与摩托车停放、洗车场（所）、占道经营摊点的监督和管理；负责临时市场监督管理工作；负责对市区路街整治工作的监督和管理；负责城市养犬登记、核查和收容工作；负责创建文明城市日常工作；指导镇（街）市容管理工作。

　　（四）环卫监管科。制定并组织实施全市环境卫生规划、计划、管理工作制度和规程；负责协调全市环卫工作并组织监督考评；负责城区环境卫生和河道保洁市场化运作的监管；负责指导镇（街）环境卫生管理工作和环卫体制改革工作；编制并组织实施全市环境卫生设施建设、建筑垃圾、生活垃圾、餐厨垃圾等固体废弃物处置设施建设中长期规划和年度计划；负责制订建筑垃圾、生活垃圾、餐厨垃圾等固体废弃物处置管理标准和技术规范；负责指导、协调、监督建筑垃圾、生活垃圾、餐厨垃圾等固体废弃物处置并推进处置能力建设及减量化、资源化利用工作；负责市区建筑垃圾工程渣土消纳和地材运输的监督工作；负责垃圾无害化处置特许经营权项目运营监管。

　　（五）公用设施监管科。负责拟定城市市政设施方面的规范性文件；制定并组织实施全市市政管理规划、计划、工作制度和规程；组织拟订城市市政设施标准、技术规范、专项考核制度，建立完善行业监督管理体系；负责监督市政设施的维护管理、监督检查；负责指导监督全市城市园林绿化规划、建设、管理等工作；负责城市管理科技技术的论证、引进及推广工作。